Pachelbel est né à Nuremberg le 1er septembre 1653.
Après des études effectuées à Nuremberg, il fut organiste à Vienne et dans plusieurs villes et cours allemandes.
Il devient organiste adjoint à la cathédrale Sain-Etienne de Vienne en 1673, organiste à la cour d'Eisenach en 1677, puis à Erfurt en 1678.
En 1690, il entre à la cour de de Wurtemberg à Stuttgart, d'où il fuit, en 1692 devant l'invasion française pour devenir organiste de la ville de Gotha.
En 1695, il devient organiste à Nuremberg où il reste jusqu'à la fin de sa vie.
Il meurt le 3 mars 1706.